По завершении в поле "Template” вместо слова Custom можно ввести свое  название (например EOS 7D (по модели ф/аппарата), при этом получится  понятное название проектного шаблона – EOS 7D  (1280х720; 59.940fps) ), затем в  правой части можно нажать на значок дискеты – теперь эти установки  всегда будут доступны в списке проектных шаблонов.
Если это основные, наиболее часто используемые установки, в левом  нижнем углу можно выбрать флажок "Запускать новые проекты с этими  установками”, далее "Apply” -> "OK”
Затаскиваем на таймлайн Вегас первый мувик, быстро два раза щелкаем  левой кнопкой мышки на полоске, отмеченной красным зигзагом (строго над  первым клипом). Появится синяя полоска, сообщающая нам, что клип выбран:
После этого жмем кнопку R (раскладка клавиатуры не  важна), на ТЛ появятся зеление маркеры регионов. При желании, можно  регионам присваивать названия, но можно этого и неделать, а просто  нажать "Enter” и затащить следующий *.MOV:
Повторяем все действия: двойной щелчок над вторым клипом, создаем  следующий регион (R), жмем "Enter”:
И так с каждым клипом.
Открыли на ТЛ 10-20 минут наших .MOV? Можно приступать к пакетному  конвертированию. Открываем Меню Tools, выбираем скрипт Batch  Render (Пакетный просчет):
  Откроется окно, в котором нужно:
1 – выбрать папку для сохранения
2 – выбрать подходящий монтажный формат:
Я бы выбрал пункт Sony MXF (немаловажный фактор – небольшой вес при  минимальной потере качества). Формат относительно новый и еще  нераспробованный пользователями.
Точно так же можно выбрать другой формат (например несжатый avi), но  предварительно нужно позаботиться о создании шаблона с подходящими  параметрами 720-60р.
Открываем выбранный пункт (жмем на +), в открывшемся списке выбираем  пункт, наиболее соответствующий параметрам исходника (например HD  EX 1280х720-60р):
Выбираем режим Render Region (2) (в этом режиме каждый пересчитанный  клип сохранится отдельным файлом), нажатием ОК (3) запускаем просчет.
По завершении просчета в папке, выбранной для сохранения, мы обнаружим  пересчитанные в новый формат файлы:
Файлы сохраняются под длинными названиями вроде 007_Sony MXF_HD EX  1280×720-60p[0].mxf, где:
007 – это название проекта, в котором осуществлялся просчет
Sony MXF_HD EX 1280×720-60p – шаблон пересчета
[0], [1], [2] … – порядковый номер, в каком файлы были открыты на  таймлайн.
Возможно, систему переименования можно как-то изменить, но я глубоко не  вникал – пакетный просчетом пользуюсь раз в несколько лет
Как пользоваться полученными файлами?
Перезапускаете Вегас, создаете новый проект с шаблоном "EOS 7D” (если  выбрали флажок в левом нижнем углу, то Вегас автоматически, всегда будет  создавать новый проект с созданным вами шаблоном EOS 7D), монтировать.